Courroucés par la présence des militaires Burundais en terre somalienne, le terroristes islamistes menacent de frapper depuis Bujumbura et le Burundi "prend au sérieux" ce projet des insurgés islamistes somaliens shebab tout en maintenant son engagement au sein de la force de paix de l’Union africaine en Somalie (AMISOM). « Bien sûr que nous les prenons au sérieux. Vous en entendez parlez aujourd’hui, mais c’est quelque chose que nous savons depuis que nous sommes engagés en Somalie et nous savons aussi que nous devons être vigilants en vue de protéger notre pays, à ce que je sache, les troupes burundaises n’ont jamais tiré à l’aveuglette sur la population somalienne, surtout au mortier, et nos troupes ne comptent pas le faire ", a indiqué Niyombare, chef d’Etat-major de l’armée burundaise. "Nous sommes en Somalie pour aider le peuple somalien à recouvrer la paix et non pas pour le combattre et tant que l’Union Africaine (UA) trouve que notre mission est toujours possible, tant que nous continuons à juger que notre mission est encore possible, nous resterons en Somalie", a encore assuré le leader de l’armée burundaise. Le 23 octobre 2009, les shebab ont menacé de frapper les capitales de l’Ouganda et du Burundi en réponse aux bombardements d’artillerie menés à Mogadiscio par les soldats de ces deux pays qui composent l’AMISOM. Ces échanges ont tué au moins 21 civils. Le président ougandais Yoweri Museveni, s’exprimant le même jour à Kampala en marge du sommet de l’Union Africaine consacré aux réfugiés et déplacés, avait vivement réagi : "ces terroristes, je leur conseille de s’occuper de leurs affaires. S’ils nous attaquent, ils paieront car nous savons comment frapper ceux qui nous attaquent".