Dans la filière de l’enseignement public, une semaine après la grève des enseignants des écoles primaires, ceux du secondaire leur emboîtent le pas dès ce 28 septembre 2009 suite à l’appel du Conseil national des professeurs de l’enseignement secondaire (CONAPES). Ils réclament l’harmonisation des salaires de tous les agents de l’Etat, le déblocage des cotisations syndicales, la régularisation des arriérés de cinq ans liés aux différentes primes de fidélité et de rendement et la mise en application de la transposition des fonctionnaires dans le nouveau statut de 2007. D’une manière générale, l’on indique que ce vaste mouvement de grève a été largement suivi dans tout le pays. En mairie de Bujumbura, le directeur provincial de l’enseignement (DPE) a fait savoir que ces grèves des enseignants du primaire et du secondaire pénalisent les élèves et qu’elles risquent de perturber le déroulement de l’année scolaire.