Depuis le 7 septembre 09, les parlementaires burundais et les fonctionnaires des deux chambres subissent une formation d’une semaine, à Bujumbura, sur « l’autonomie des chambres et le régime juridique du parlement  ». La finalité de l’autonomie parlementaire est de lui permettre d’exercer librement ses compétences. Ainsi, cette formation porte sur des thèmes aussi variés que la base juridique de l’autonomie parlementaire, la relation entre l’autonomie et l’indépendance du parlement et entre l’autonomie et le statut spécifique du fonctionnaire parlementaire, le statut matériel des parlementaires, la vérification des pouvoirs ainsi que les incompatibilités parlementaires. Se servant de l’exemple de son pays, l’un des formateurs belges, M. Marc Van der Hulst a indiqué que l’autonomie parlementaire découle du principe de la séparation des pouvoirs. « Cette autonomie se détermine en effet par rapport aux pouvoirs judiciaire et exécutif. En matière judiciaire, il ne doit pas y avoir de contrôle juridictionnel pour des tâches essentielles comme l’élaboration et le contenu du règlement, la procédure de l’élaboration de la loi, les actes de contrôle politique, les nominations et autres  », explique-t-il. Mais par rapport au pouvoir exécutif, l’autonomie parlementaire ou la séparation des pouvoirs n’interdit pas la collaboration. Cette autonomie se manifeste différemment en matière administrative, budgétaire et financière, de même qu’en matière de la protection sociale, du statut financier des membres et de la représentation en justice du parlement.